Come la relatrice speciale ha sottolineato, lo stupro è l’atto più violento e degradante di violenza sessuale, costituisce "un’intrusione nelle parti più private ed intime del corpo di una donna, ed anche un’aggressione all’essenza del suo io". Mentre comunemente lo stupro avviene come una manifestazione di estrema violenza sessuale contro una singola donna, va sempre più aumentando il suo impiego come arma di guerra, di repressione politica, o di pulizia etnica.

Le Nazioni Unite ed altre fonti hanno documentato numerosi casi di stupro nel contesto dei conflitti armati. Durante la guerra dell’ex Jugoslavia, ad esempio, decine di migliaia di donne musulmane furono tenute in "campi di stupro" dove vennero stuprate ripetutamente e costrette a partorire bambini contro la loro volontà. Lo stupro per genocidio, spesso seguito da assassinio, fu condotto contro un numero perfino maggiore di donne Tutsi nel corso del conflitto del 1994 in Rwanda. Durante le recenti sommosse in Indonesia, nel maggio del 1998, è avvenuto un diffuso stupro di donne di etnia cinese. Lo stupro può essere usato per rendere le donne "non maritabili" nelle comunità in cui vivono. Lo stupro può essere usato non solo per punire la vittima, ma anche per punire i membri maschi della famiglia, che sono spesso costretti ad assistere all’atto.

Lo stupro commesso come strumento di una repressione politica è proibito dal diritto internazionale in quanto atto di tortura o trattamento crudele, inumano o degradante. Il Patto Internazionale sui Diritti Civili e Politici e la Convenzione contro la Tortura ed altri Trattamenti o Punizioni crudeli, inumani o degradanti promuovono entrambi la dignità e l’integrità fisica della persona e proibiscono la tortura e il trattamento crudele, inumano o degradante. Il Comitato CEDAW ha inoltre interpretato le norme della Convenzione sull’Eliminazione di tutte le Forme di Discriminazione contro le Donne nel senso di un divieto di tutte le forme di violenza contro le donne, compreso lo stupro. Infine, la Convenzione Inter Americana sulla Prevenzione, la Punizione e l’Eliminazione della Violenza contro le Donne proibisce anche specificatamente lo stupro ed altre forme di violenza.

Anche molte altre autorità internazionali hanno riconosciuto lo stupro come una forma di tortura quando esso è usato come forma di punizione, coercizione o intimidazione, ed è eseguito da agenti statali o con la loro acquiescenza. Inoltre, lo stupro commesso come arma di guerra è esplicitamente proibito dal diritto umanitario internazionale, che regola sia i conflitti internazionali che interni. Lo Statuto di Roma del Tribunale Penale Internazionale definisce esplicitamente, per la prima volta nel diritto umanitario internazionale, lo stupro, la schiavitù sessuale, la prostituzione forzata, la gravidanza forzata, la sterilizzazione forzata ed altre forme di violenza sessuale sia come crimini contro l’umanità che come crimini di guerra. Lo Statuto del Tribunale Penale Internazionale pone lo stupro ed altre violenze sessuali sullo stesso piano di vari crimini internazionali gravi e respinge il linguaggio precedentemente usato dai trattati internazionali in materia di diritto umanitario, secondo i quali la violenza sessuale rientrava esclusivamente nella categoria di "crimini contro l’onore" e ad "oltraggi alla dignità personale" piuttosto che violenza.

Qualunque ne sia il motivo, lo stupro può avere effetti devastanti sulla salute riproduttiva di una donna. Spesso, il danno fisico e psicologico causato dallo stupro incide permanentemente o temporaneamente sull’autonomia sessuale e riproduttiva delle donne ed ha conseguenze durature sulla salute riproduttiva delle vittime. Globalmente, le conseguenze fisiche dello stupro e della violenza sessuale ammontano approssimativamente al 5 per cento delle malattie tra le donne. Varie indagini condotte negli Stati Uniti indicano che fino al 30 per cento delle donne che subiscono uno stupro acquisisce di conseguenza una malattia che si trasmette sessualmente. Le vittime di stupro sono a maggior rischio di malattie che si trasmettono per via sessuale come l’AIDS, la gonorrea, la sifilide, l’erpes genitale e la Clamydia, così come per le conseguenze a lungo termine sulla salute come il cancro cervicale. Le donne sono biologicamente più soggette ad acquisire malattie che si trasmettono sessualmente e le conseguenze sono più gravi e pericolose per la vita per le donne che per gli uomini. Inoltre, sono esposte al rischio di gravidanze indesiderate.

Lo stupro può anche causare un trauma emotivo che si manifesta nella depressione, nell’incapacità di concentrazione, in disturbi del sonno e dell’alimentazione, in sentimenti di rabbia, di umiliazione e di auto accusa, e in gravi problemi sessuali, tra cui problemi nel raggiungere l’eccitazione sessuale, paura del sesso, minore funzionamento sessuale. Si calcola che il tasso di gravidanze a seguito di stupro nelle donne adulte sia del 4,7 per cento. Per una donna incinta a seguito di uno stupro, l’aborto può essere vietato dalla legge, impedito nei fatti o inaccettabile per la donna stessa per ragioni religiose o culturali, associando così al trauma fisico ed emotivo della donna il costante ricordo fisico dello stupro subito.