Il diritto all'autodeterminazione dei popoli può essere cosiderato un diritto trasversale, in quanto ricorre in diversi strumenti internazionali sui diritti umani, e incide sullesercizio di tutte le altre famiglie di diritti, sia civili e politici che economici, sociali e culturali. In particolare, i Patti internazionali sui diritti umani contengono una identica clausola sul diritto allautodeterminazione dei popoli, in entrambi i casi contenuta allarticolo 1, e dunque considerato di grande rilevanza.

Nonostante la grande importanza di questo tema, però, nel dibattito "ufficiale" delle Nazioni Unite sulla definizione di un punto di vista di genere su tutti i diritti umani il tema dellautodeterminazione dei popoli non è mai stato affrontato. Il Comitato diritti umani, ad esempio, nella sua dettagliata "Raccomandazione generale n.28", che analizza tutti gli articoli del Patto sui diritti civili e politici da un punto di vista di genere, non ha inserito commenti specifici sul diritto dei popoli all'autodeterminazione.

Al di fuori del dibattito istituzionale, invece, esistono numerose riflessioni, in particolare da parte del movimento delle donne, che evidenziano in particolare due aspetti:

- il modo in cui all'interno dei movimenti per l'autodeterminazione nazionale i diritti/l'identità/l'autonomia delle donne, sono stati affermati o invece cancellati o messi in discussione.
- il rapporto fra autodeterminazione dei popoli e autodeterminazione delle persone

Il primo tema, in sede internazionale, si è spesso intrecciato con il tema del rapporto fra diritti individuali e diritti collettivi, nonché fra differenza di genere e diversità culturali, in particolare per ciò che riguarda i diritti delle minoranze, e il dialogo fra civiltà e culture diverse.

Quanto allautodeterminazione nella sfera personale, questo nodo è particolarmente lampante in Italia, dove la parola "autodeterminazione" è stata scelta dal movimento delle donne per definire quello che nei movimenti anglosassoni veniva piuttosto definito come "diritto di scelta" (right to choose), in particolare rispetto alle questioni della sessualità e della riproduzione.

Tale diritto è chiaramente definito come uno dei diritti umani delle donne dal par. 96 della Piattaforma di Pechino, che afferma:
i diritti umani delle donne comprendono il diritto ad avere il controllo e decidere liberamente e responsabilmente sulle questioni relative alla propria sessualità, compresa la salute sessuale e riproduttiva, libere da coercizione, discriminazione e violenza."

La libertà di decidere autonomamente della propria vita, tuttavia, se ha come punto di partenza obbligato la sfera della sessualità e della riproduzione, riguarda anche moltissimi altri campi, che il tradizionale dibattito sui diritti umani suddivide piuttosto arbitrariamente fra "diritti civili" (la libertà nella scelta del coniuge o del/della partner, la libertà di movimento e di scelta della residenza, la libertà di parola e di espressione, ecc.) e "diritti economici sociali e culturali" (il diritto allo studio, al lavoro, alla libera scelta della professione, all'autonomia culturale, ecc.). Su tutti questi terreni, il diritto all'autodeterminazione delle donne è spesso violato non solo dagli stati, ma dalle persone più vicine: marito, padre, fratelli, nonché da un uso distorto delle tradizioni culturali e sociali.

Questo aspetto, a differenza della riflessione sui diritti dei popoli da un punto di vista di genere, è invece affrontato esplicitamente dal Comitato diritti umani, che afferma:

" tutto il mondo la disuguaglianza nell'esercizio dei diritti da parte delle donne è profondamente radicata nella tradizione, nella storia e nella cultura, compresi gli atteggiamenti di tipo religioso. […] Gli stati parte devono garantire che gli atteggiamenti tradizionali, storici, religiosi, o culturali, non vengano utilizzati per giustificare violazioni del diritto delle donne all'eguaglianza di fronte alla legge ed all'esercizio paritario di tutti i diritti garantiti dal Patto ". Il Comitato fornisce numerosi esempi specificamente riferiti alla libertà delle donne di decidere della propria vita, in materia di matrimonio, studio, lavoro, scelta dell'abbigliamento, cultura, ecc. In materia di libertà di movimento, ad esempio, si dice: " gli stati parte devono fornire informazioni su qualsiasi norma di legge o prassi che comporti una restrizione del diritto delle donne alla libertà di movimento, ad esempio attraverso l'esercizio di potere del marito sulla moglie, o del padre sulle figlie adulte, o attraverso norme di diritto o di fatto che impediscano alle donne di viaggiare, quali l'obbligo di autorizzazione da parte di un soggetto terzo nel caso di rilascio ad una donna adulta di passaporto o altro tipo di documento necessario per viaggiare. Gli stati parte devono anche riferire sulle misure adottate per abrogare tali leggi o prassi, e per tutelare le donne contro di esse…"